تحلیل داده‌های زیستی
Biological Data Analysis
| مقطع: تحصیلات تکمیلی | گرایش: علم داده |
| نوع درس: نظری | تعداد واحد: ۳ |
| پیش‌نیاز: – | هم‌نیاز: – |
هدف کلی
هدف از این درس، آشنایی دانش‌جویان با الگوریتم‌های موجود برای تحلیل داده‌های حجیم زیستی است. این موارد شامل آماده‌سازی کتابخانه، توالی‌یابی‌های دنا و رنا، تحلیل برهم‌کنش دنا و پروتئین و روش‌های تک‌سلولی است.
سرفصل‌ها
- آماده‌سازی کتابخانه
- توالی‌یابی دنا: برهم نهی تمام ژنوم، برهم نهی تمام اگزون و phase کردن
- توالی‌یابی رنا
- یافتن شبکه‌های تنظیمی بیان ژن
- تحلیل برهم کنش دنا و پروتئین
- روش ChIP-Seq
- روش ATAC-Seq
- یافتن متیف‌ها
- روش‌های تک‌سلولی و تحلیل داده‌ها در آن‌ها
منابع پیشنهادی
- C. Q. Ye (ed). Big data analysis for bioinformatics and biomedical discoveries. CRC Press, 2016.