تحلیل داده‌های ژنومیک

Genomic Data Analysis

مقطع: تحصیلات تکمیلی گرایش: بیوانفورماتیک
نوع درس: نظری تعداد واحد: ۳
پیش‌نیاز: – هم‌نیاز: –

هدف کلی

هدف از این درس، آشنایی دانش‌جویان با الگوریتم‌های موجود برای تحلیل داده‌های حجیم زیستی است. این موارد شامل آماده‌سازی کتابخانه، توالی‌یابی‌های دنا و رنا، تحلیل برهم‌کنش دنا و پروتئین و روش‌های تک‌سلولی است.

سرفصل‌ها

  1. آماده‌سازی کتابخانه
    • تکنیک‌های موجود
    • محاسبه پیچیدگی کتابخانه
  2. توالی‌یابی دنا
    • برهم نهی تمام ژنوم
    • برهم نهی تمام اگزون
    • phase کردن
  3. توالی‌یابی رنا
    • نرمالیزه کردن بیان
    • یافتن ژن‌های تفریقی
    • یافتن شبکه‌های تنظیمی بیان ژن
  4. تحلیل برهم کنش دنا و پروتئین
    • روشهای نرمالیزه کردن داده
    • ChIP-Seq
    • ATAC-Seq
    • یافتن متیف‌ها
  5. روش‌های تک‌سلولی
    • نرمالیزه کردن داده‌های تک‌سلولی
    • دسته‌بندی داده‌های تک‌سلولی
    • پر کردن داده‌های تک‌سلولی
    • استنتاج از داده‌های تک‌سلولی

منابع پیشنهادی

  1. Shui Qing Ye, ed. Big data analysis for bioinformatics and biomedical discoveries. CRC Press, 2016.
  2. Ju Han Kim. Genome Data Analysis. Springer, 2019.