تحلیل داده‌های زیستی

Biological Data Analysis

مقطع: تحصیلات تکمیلی گرایش: علم داده
نوع درس: نظری تعداد واحد: ۳
پیش‌نیاز: – هم‌نیاز: –

هدف کلی

هدف از این درس، آشنایی دانش‌جویان با الگوریتم‌های موجود برای تحلیل داده‌های حجیم زیستی است. این موارد شامل آماده‌سازی کتابخانه، توالی‌یابی‌های دنا و رنا، تحلیل برهم‌کنش دنا و پروتئین و روش‌های تک‌سلولی است.

سرفصل‌ها

  1. آماده‌سازی کتابخانه
  2. توالی‌یابی دنا: برهم نهی تمام ژنوم، برهم نهی تمام اگزون و phase کردن
  3. توالی‌یابی رنا
  4. یافتن شبکه‌های تنظیمی بیان ژن
  5. تحلیل برهم کنش دنا و پروتئین
  6. روش ChIP-Seq
  7. روش ATAC-Seq
  8. یافتن متیف‌ها
  9. روش‌های تک‌سلولی و تحلیل داده‌ها در آن‌ها

منابع پیشنهادی

  1. C. Q. Ye (ed). Big data analysis for bioinformatics and biomedical discoveries. CRC Press, 2016.