پایگاه داده‌های بیوانفورماتیک

Bioinformatics Database Systems

مقطع: تحصیلات تکمیلی گرایش: بیوانفورماتیک
نوع درس: نظری تعداد واحد: ۳
پیش‌نیاز: – هم‌نیاز: –

هدف کلی

توالی ژنوم انسانی و علاقه فراوان در تحلیل پروتئین‌ها و ساختار مولکولی باعث ایجاد نیاز به پایگاه داده‌های زیستی شده است. در این درس مروری از دسته وسیعی از پایگاه داده‌های زیستی به عمل آمده و قابلیت دانشجویان در استفاده از آن‌ها ایجاد خواهد شد. پایگاه داده‌هایی که معرفی خواهند شد عبارتند از پایگاه داده‌های ژنوم همانند GeneBank و Ensemble، همچنین پایگاه داده‌های پروتئین همانند PDB و SWISS-PORT خواهد بود. ابزار دسترسی به پایگاه داده‌ها همچنین ابزار پیدا نمودن ژن‌ها در این درس پوشش داده می‌شود. پایگاه داده‌های تخصصی مرور شده و طراحی و کاربردهای آن نیز بحث می‌شود.

سرفصل‌ها

  1. مقدمه‌ای بر پایگاه داده‌های زیستی
  2. آشنایی با داده پایگاه‌های توالی و ساختار نظیر Jaspar, String, Uniprot, PDB, EMBL, NCBI, …
  3. دسترسی مستقیم و واکشی و پردازش اطلاعات از داده پایگاه‌های بیوانفورماتیک
  4. تولید یک داده پایگاه بیوانفورماتیک
  5. اتصال داده پایگاه بیوانفورماتیک با سرویس‌های تحت وب
  6. استانداردهای ذخیره‌سازی و تبادل اطلاعات بین داده پایگاه‌های بیوانفورماتیک‌
  7. داده پایگاه‌های اطلاعات بیمارستانی
  8. انجام پروژه عملی

منابع پیشنهادی

  1. Kevin Byron, Katherine G. Herbert and Jason T. L. Wang. Bioinformatics Database Systems. CRC Press, 2016.
  2. J. Y. Chen and A. S. Sidhu. Biological Database Modeling. Artech House, 2007.
  3. D. Higgins and W. Taylor. Bioinformatics: Sequence, Structure, and Databanks: A Practical Approach. Oxford University Press, 2000.
  4. S. Letovsky. Bioinformatics: Database and Systems. Kluwer Academic Press, 1999.
  5. H. Garcia-Molina, J. D. Ullman and J. D. Widom. Database Systems: The Complete Book. Prentice Hall, 2001.