الگوریتم‌های بیوانفورماتیک

Algorithms for Bioinformatics

مقطع: تحصیلات تکمیلی گرایش: الگوریتم‌ها و محاسبات
نوع درس: نظری تعداد واحد: ۳
پیش‌نیاز: – هم‌نیاز: –

هدف کلی

هدف از این درس آشنایی دانشجویان با مباحث پیشرفته‌تر الگوریتم‌های بیوانفورماتیک است. انتظار می‌رود دانشجویان در درس مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک، آشنایی مقدماتی با الگوریتم‌های بیوانفورماتیک پیدا کرده باشند. هدف از این درس، تقویت و عمق بخشیدن به دانش الگوریتمی دانشجویان است.

سرفصل‌ها

  1. داده‌ساختارهای رشته‌ای
  2. تبدیل باروز-ویلر و کاربردهای آن
  3. مشابهت‌یابی رشته‌ها
  4. روش‌های مبتنی بر شار بیشینه
  5. الگوریتم‌های تقریبی برای توالی‌یابی
  6. الگوریتم‌های تقریب همسایگی
  7. روش‌های مبتنی بر برنامه‌ریزی خطی
  8. تحلیل ژنوم
  9. تحلیل ترانسکریپتوم
  10. تحلیل پروتئوم
  11. تحلیل متاژنوم

منابع پیشنهادی

  1. V. Mäkinen, D. Belazzougui, F. Cunial, and A. I. Tomescu. Genome-scale algorithm design. Cambridge University Press, 2015.
  2. W. K. Sun. Algorithms in Bioinformatics, A Practical Introduction. CRC Press, 2010.
  3. I. Mandoiu and A. Zelikovsky. Bioinformatics Algorithms, Techniques and Applications. Wiley-Interscience, 2008.